Highlight Activities 2021: Metagenomic shotgun sequencing reveals host species as an important driver of virome composition in mosquitoes


High-throughput nucleic acid sequencing has greatly accelerated the discovery of viruses in the environment.  Mosquitoes, because of their public health importance, are among those organisms whose viromes are being intensively characterized. Despite the deluge of sequence information, our understanding of the major drivers influencing the ecology of mosquito viromes remains limited. Using methods to increase the relative proportion of microbial RNA coupled with RNA-seq we characterize RNA viruses and other symbionts of three mosquito species collected along a rural to urban habitat gradient in Thailand. The full factorial study design allows us to explicitly investigate the relative importance of host species and habitat in structuring viral communities. We found that the pattern of virus presence was defined primarily by host species rather than by geographic locations or habitats. Our result suggests that insect-associated viruses display relatively narrow host ranges but are capable of spreading through a mosquito population at the geographical scale of our study. We also detected various single-celled and multicellular microorganisms such as bacteria, alveolates, fungi, and nematodes. Our study emphasizes the importance of including ecological information in viromic studies in order to gain further insights into viral ecology in systems where host specificity is driving both viral ecology and evolution.

Figure 2: The proportion of virus families found in all mosquito samples and NTCs. RD = rRNA depleted, UD = rRNA not depleted. Asterisks (*) indicate virus groups that are likely contamination. NTC1 and NTC2 refer to no-template controls for separate sequencing runs

เป้าหมาย 3: สร้างหลักประกันว่าคนมีชีวิตที่มีสุขภาพดีและส่งเสริมสวัสดิภาพสำหรับทุกคนในทุกวัย (Ensure healthy lives and promote well-being for all at all ages) เป้าหมายย่อย 3.b สนับสนุนการวิจัยและการพัฒนาวัคซีนและยาสำหรับโรคติดต่อและไม่ติดต่อที่ส่งผลกระทบโดยตรงต่อประเทศกำลังพัฒนา ให้มีการเข้าถึงยาและวัคซีนจำเป็นในราคาที่สามารถซื้อหาได้ ตามปฏิญญาโดฮาความตกลงว่าด้วยสิทธิในทรัพย์สินทางปัญยาที่เกี่ยวกับการค้าและการสาธารณสุข ซึ่งเน้นย้ำสิทธิสำหรับประเทศกำลังพัฒนาที่จะใช้บทบัญญัติในความตกลงว่าด้วยสิทธิในทรัพย์สินทางปัญญาที่เกี่ยวกับการค้าอย่างเต็มที่ในเรื่องการผ่อนปรนเพื่อจะปกป้องสุขภาพสาธารณะและโดยเฉพาะการเข้าถึงยาโดยถ้วนหน้า

Reference: Thongsripong, P., Chandler, J. A., Kittayapong, P., Wilcox, B. A., Kapan, D. D., & Bennett, S. N. (2021). Metagenomic shotgun sequencing reveals host species as an important driver of virome composition in mosquitoes. Scientific Reports, 11(1), 8448.

Source: https://www.nature.com/articles/s41598-021-87122-0